单CPU（奔4级别）计算一个化合物分子与病毒分子匹配仍需好几分钟，对于10万个分子的化合物库，假设每个分子匹配平均需要3min，那么用1台单CPU（P4级别）计算机进行匹配的话，就要花费5000个小时，约208天。虽然现在已经开发出了在集群环境中的并行匹配程序，并且目前很多科研都是在集群上进行虚拟筛选，然而面对药物研发领域中动辄上百万的分子库，时间的花费是一个很大的问题。

　　综上所述，药物研发领域需要资源的共享与集成，而网格则正好能满足这一需求。

　　操作模型药物研发网格的主要目标是提供一个用于药物研发的网格平台。首先，它要满足高性能分布式计算的要求，该功能实现的逻辑是将活性化合物分子库匹配任务进行分解，将分解后的子任务分配到网格中空闲的计算资源上进行，待子任务完成后，再将它们的结果整合后反馈给用户。该过程高计算量、低通信量的特征非常适合于现有网络资源。其次，网格平台需要提供一个资源共享的环境，对昂贵的商业库，可以将其部署到网格上供所有用户共享，而对于用户的自建库，用户可以选择是否共享。网格平台还要提供化合物信息检索服务，根据用户的要求检索符合条件的化合物信息。

　　网格环境中药物研发的操作模型如所示。整个模型包括分布式虚拟筛选、自建库生成和分子库检索3个主要的操作流程。（1）分布式虚拟筛选是整个模型的主流程（中实线表示），它根据用户提交的任务进行分布式筛选，其算法如3所示。分布式虚拟筛选算法（2）用户建立自建库是分布式筛选的一个辅助流程（中虚线表示），通常情况下用户都会选择已有的商业库，如果商业库无法满足某些特殊需求时，则用户会选择自己构建。